轉(zhuǎn)化細(xì)胞是一種高度未分化細(xì)胞。它具有發(fā)育的多能性, 能分化出成體動物的所有組織和器官, 包括生殖細(xì)胞。Oct4、 Nanog、Sox2等多能性相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子通過自調(diào)節(jié)或反饋調(diào)節(jié)等方式調(diào)控胚胎干細(xì)胞的自我更新和分化。2008年, Chen等用ChIP-Seq檢測了Nanog、Oct4、STAT3、Smad1和Sox2等13個序列特異性的轉(zhuǎn)錄因子與基因組DNA的結(jié)合情況。這些轉(zhuǎn)錄因子都是LIF和BMP途徑的重要調(diào)控分子, 發(fā)現(xiàn)有些位點是幾個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合共同起調(diào)節(jié)作用, 如Nanog、 Sox2、Oct4、Smad1和STAT3共同組成胚胎干細(xì)胞增強體(ES-cell-specific enhanceosomes)。Ouyang等利用ChIP-Seq技術(shù)研究小鼠胚胎干細(xì)胞, 發(fā)現(xiàn)大約有65%的基因表達(dá)是由12個轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的。他們鑒定了兩組轉(zhuǎn)錄因子。其中*組(E2f1、Myc、 Mycn和Zfx)通常作為激活劑起作用, 第二組(Oct4、 Nanog、Sox2、Smad1、Stat3、Tcfcp2l1、Esrrb)可能依賴于靶點不同或作為激活劑, 或作為抑制劑。這兩組轉(zhuǎn)錄因子緊密協(xié)作, 激活胚胎干細(xì)胞中差異化上調(diào)的基因。在缺乏*組轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合時, 第二組轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合胚胎干細(xì)胞中被抑制的基因及早期分化中去抑制的基因。zui近, Li等證實組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶Mof在維持胚胎干細(xì)胞自我更新和多能性中發(fā)揮了至關(guān)重要的作用。Mof缺失導(dǎo)致胚胎干細(xì)胞失去特征性形態(tài)、堿性磷酸酶(AP)染色和分化潛能。這些細(xì)胞的核心轉(zhuǎn)錄因子Nanog、Oct4 和Sox2表達(dá)異常, 當(dāng)Nanog過表達(dá)時可部分抑制無Mof的胚胎干細(xì)胞的表型, 說明胚胎干細(xì)胞中Mof是 Nanog的上游調(diào)控因子。他們利用ChIP-Seq進(jìn)一步證實了Mof是ESC核心轉(zhuǎn)錄網(wǎng)絡(luò)的一個必需元件, 主導(dǎo)了不同發(fā)育程序的基因。此外, Mof也在關(guān)鍵調(diào)控位點中招募Wdr5和H3K4甲基化中起重要作用, 從而突顯了胚胎干細(xì)胞中各種染色質(zhì)調(diào)控因子的復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控。

ChIP-Seq在肝臟轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控中的研究

肝臟是一個以代謝功能為主的器官, 并扮演著去氧化、儲存肝糖、合成分泌性蛋白質(zhì)等角色。同時, 肝臟也消化系統(tǒng)中的膽汁。Foxa2等轉(zhuǎn)錄因子在肝臟發(fā)育和代謝過程中起著重要作用。Wederell 等研究成年小鼠肝臟組織中轉(zhuǎn)錄因子Foxa2結(jié)合位點, 一共識別了11000個位點, 其中43.5%的肝臟表達(dá)基因含有相關(guān)的Foxa2結(jié)合位點。Schmidt等利用ChIP-Seq技術(shù)研究多種脊椎動物肝臟中表達(dá)的兩個轉(zhuǎn)錄因子CEBPA和HNF4A, 雖然兩個轉(zhuǎn)錄因子都有高度保守的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域, 絕大多數(shù)情況下表現(xiàn)出種屬特異性。 Bochkis等通過ChIPSeq全基因組定位分析高度同源的轉(zhuǎn)錄因子Foxa1和 Foxa2, 發(fā)現(xiàn)雖然Foxa1和Foxa2肝臟中的結(jié)合位點大部分重疊, 在體內(nèi)它們各自還有跟其他調(diào)控元件結(jié)合。Foxa1和p53共同結(jié)合位點附近的基因經(jīng)常在細(xì)胞周期調(diào)控中起到重要作用。Foxa2*結(jié)合位點附近的基因與類固醇和脂質(zhì)代謝相關(guān)。因此, Foxa1 和Foxa2在成體的肝臟中展示出不同的角色, 確保這兩個基因在進(jìn)化過程中的重要性。肝臟的發(fā)育經(jīng)歷了一系列內(nèi)胚層和中胚層之間復(fù)雜的相互作用, 在我們先期的研究中應(yīng)用ChIP-Seq技術(shù)發(fā)現(xiàn)了Foxa2 在DE轉(zhuǎn)化細(xì)胞全基因組中的結(jié)合位點 , 并在全基因組的水平上證明Foxa2具有先鋒因子的作用, 且Foxa2 對特異靶基因的作用是通過修飾靶基因promoter/ enhancer片段中的H3K4me2組蛋白位點實現(xiàn)。在肝向分化研究中我們發(fā)現(xiàn)個別新的肝向基因的promoter/enhancer片段上找到GATA4與Foxa2相互作用的新證據(jù)。
37321-62-3         丙二醇單月桂酸酯II型標(biāo)準(zhǔn)品    500mg
359-83-1     Pentazocine CIV    噴他佐辛標(biāo)準(zhǔn)品    500mg
35607-66-0    Cefoxitin    頭孢西丁標(biāo)準(zhǔn)品    500mg
3546-41-6     Pyrvinium Pamoate     雙羥萘酸撲蟯寧標(biāo)準(zhǔn)品    500mg
3387-36-8    Disodium 5-Uridylate    尿苷酸二鈉標(biāo)準(zhǔn)品    500mg
33754-49-3     Zolazepam Hydrochloride    鹽酸唑拉西泮標(biāo)準(zhǔn)品    500mg
31884-77-2     Meclizine Hydrochloride     鹽酸美克洛嗪標(biāo)準(zhǔn)品    500mg
31112-62-6     Metrizamide     甲泛葡胺標(biāo)準(zhǔn)品    500mg
轉(zhuǎn)化細(xì)胞