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Namocell單細胞分離儀應用---單細胞測序
2018年11月，Namocell與CZ-Biohub（Chan Zuckerburg Biohub）合作，在單細胞測序領(lǐng)域做出了新的嘗試。CZ-Biohub利用Namocell單細胞分離儀分選出目的B細胞，并且將其進行單細胞測序，為抗體新藥的發(fā)現(xiàn)邁出了重要一步。
單細胞RNA測序（scRNA-seq）作為一種全基因組測序的方式，在單細胞層面廣泛用于確定細胞類型和細胞變異的鑒定。Namocell單細胞分離儀可以通過細胞標記CD27以及一種細胞活性的染料，來分選出單個活的B細胞。通過分析分離后的單細胞基因表達情況，對比靜息記憶B細胞，可以從單細胞層面研究基因表達差異。
圖一，人的未成熟記憶B細胞在mCD40L-3T3中批量刺激培養(yǎng)6天。收集細胞并用CD27-PE和CellTracker Green進行細胞染色。通過Namocell單細胞分離儀篩選PE/FITC雙陽性的細胞，單細胞分選至96孔PCR板，分選前PCR板中已預先鋪好4ul/孔的裂解液。通過cDNA合成情況得出單細胞分選的比例為97%。接下來進行VH和VL抗體可變區(qū)域（A，n=8）的特異性基因的擴增或者全轉(zhuǎn)錄組文庫制備；通過二代測序獲取序列，參照靜息記憶B細胞BCR抗體表達資料組進行對比分析（B）；B細胞激活基因的差異（C）； 整體基因升降規(guī)律（D）。每孔只有一組BCR轉(zhuǎn)錄物，以及通過Sanger測序確定的VH和VL質(zhì)量，都充分說明了分入PCR管中的只有一個細胞。
上述實驗數(shù)據(jù)確定了分選出來的單細胞的效率，同時也驗證了通過實驗前期處理和設(shè)門標準得到的確定是激活的B細胞。更重要的是，來自分選后的單細胞的cDNA適用于后續(xù)的單細胞轉(zhuǎn)錄組文庫制備和免疫球蛋白輕重鏈可變區(qū)域的全長PCR。Namocell單細胞分離儀提供了一種全新的桌面式單細胞分選平臺，并且可以與下游單細胞測序分析無縫對接。