胰蛋白酶消化，質譜法輕松鑒定蛋白質，已經是非常成熟的工作流程。即使是剛接觸MS的使用者也可以很快掌握。在質譜法鑒定蛋白的工作流程中，蛋白質鑒定是通過使用搜索引擎，例如 Mascot或Matrix Science進行簡單的數據庫搜索來實現的。然而，對于數據庫中未列出的蛋白質鑒定需求，或需要進行蛋白質末端序列分析的這兩種情況，通常采用更昂貴的高端儀器和更復雜的工作流程，需要熟練的操作員。此外，蛋白質測序儀也通常用作蛋白質末端序列分析的方法，但遇到 N 端封閉的蛋白質，去封閉是必要的。作為樣品序列分析前的預處理，預處理效果取決于蛋白質類型，可能效果不佳，對操作人員有一定要求，需要一定程度的技能和經驗，這些可能會限制其使用。 

近年來，利用MALDI-TOF離子源（ISD：In-Source Decay）中發(fā)生的蛋白質碎裂離子，可以分析N末端被封閉或未在數據庫中登記的蛋白質序列MS圖譜。此外，ISD理論上不受每個樣品質量的限制，因此無需胰蛋白酶消化即可直接對高質量蛋白質進行測序。結合電泳膠提取蛋白和島津臺式機MALDI-8020，通過N端封閉蛋白的分子量測定和序列分析的例子，讓我們來了解下大蛋白分子直接測序技術MALDI-ISD。

將模型樣品N 端被乙?；呐Ｌ妓狒?(Sigma-Aldrich)溶解在緩沖溶液中進行電泳， 95 °C 下加熱 5 分鐘，然后在聚丙烯酰胺凝膠（ATTO 12.5 %，預制 e-PAGEL）上進行電泳。所得聚丙烯酰胺凝膠用考馬斯亮藍染色以檢測蛋白質斑點。使用含有表面活性劑的提取緩沖溶液，我們從凝膠分離的碳酸酐酶的條帶中提取蛋白質。使用氯仿/甲醇在提取緩沖溶液中沉淀蛋白質以去除表面活性劑和鹽，并使用 MALDI-TOF 質譜儀進行測量。芥子酸用作 MALDI 基質用于蛋白質分子量測量，1,5-二氨基萘 (DAN) 用于 ISD 的序列分析。

圖1、碳酸酐酶電泳圖

圖2、從凝膠中提取的碳酸酐酶MS圖（基質芥子酸）

接下來，從25 pmol凝膠蛋白條帶中提取碳酸酐酶，與基質DAN混合，MALDI-8020線性模式進一步分析。結果如圖3所示，主要檢測到c離子（從蛋白質N段產生的片段）質量一致的峰。通過使用免費軟件Mass++ TM和蛋白質氨基酸序列比對工具Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)，我們對從檢測到的峰中獲得的氨基酸序列進行了同源性搜索。

圖3、MALDI-ISD鑒定結果

鑒定結果顯示匹配結果最高的是碳酸酐酶。通過檢測到的c離子片段質量和數據庫中已有的碳酸酐酶氨基酸序列，我們可以推斷出N段序列是SHHWGYGKH...，并且是N-乙?；摹?/span>

MALDI-8020線性模式MALDI-ISD技術，無需復雜的工作流程，無需胰蛋白酶消化即可直接對高質量蛋白質（如本文所述m/z 29030示例）進行N端測序。

該方法在島津應用專家與美國佛羅里達州立大學、日本愛媛大學高級研究支持中心生物醫(yī)學分析部、利物浦大學生化與系統(tǒng)生物學系等共同發(fā)表的一篇文獻中也有應用到。PEPPI-MS基于聚丙烯酰胺凝膠的預分餾，實現質譜法鑒定完整蛋白或蛋白復合物。凝膠分離回收14種人血清蛋白，提取后，用MALDI-8020的MALDI-ISD產生的產物離子鑒定人血清白蛋白N端氨基酸序列。

MALDI-8020是島津MALDI家族一款體積小巧，性能優(yōu)良的特色產品。榮獲2018 IBO工業(yè)設計大獎銀獎。

主要特點：

● 線性臺式MALDI-TOF

● 200Hz固態(tài)激光器，355nm波長

● 進樣速度快

● TrueClean™自動源清潔功能。配備大口徑離子光學系統(tǒng)，使儀器長期使用中源的污染風險降到最低。配備基于紫外激光器的源清潔功能，可自動快速實現源自清潔。

● 靜音（<55dB）

● 可視化工作狀態(tài)

參考文獻：

島津應用新聞 No.B83

J. Proteome Res. 2020, 19, 3779−3791