與其他核酸染料相比,SafeGreen 核酸染料在安全性、靈敏度、穩(wěn)定性等方面具備顯著優(yōu)勢,但也存在一些局限性。我將結(jié)合其特性和實際應(yīng)用,分析它的優(yōu)缺點:
優(yōu)點
安全性高:與傳統(tǒng)核酸染料溴化乙錠(EB)相比,SafeGreen 分子量較大,無法輕易穿透細胞膜,低細胞毒性和低致突變性優(yōu)勢明顯。EB 是強誘變劑,具有高致癌性,易嵌入 DNA 堿基對,進入細胞后會干擾核酸代謝,危害實驗人員健康;而 SafeGreen 因難以進入細胞內(nèi)部,對細胞內(nèi)核酸正常代謝和功能干擾極小,在細胞培養(yǎng)相關(guān)的核酸檢測等對生物安全性要求高的實驗中,更具應(yīng)用價值 。與 SYBR Safe 相比,HeLa 細胞實驗表明,SYBR Safe 可迅速進入細胞對細胞核染色,而 SafeGreen 無法穿透細胞膜與活細胞內(nèi)的 DNA 結(jié)合,對細胞生理狀態(tài)影響更小。
靈敏度高:在瓊脂糖凝膠電泳實驗中,無論是低濃度還是高濃度的核酸樣品,SafeGreen 對核酸的敏感性使其能清晰顯示核酸條帶,靈敏度可與傳統(tǒng)高靈敏度染料相媲美,能滿足 PCR 產(chǎn)物鑒定、克隆與載體構(gòu)建等實驗對核酸條帶精確觀察的需求。而一些普通核酸染料,在檢測微量核酸時,條帶顯示不夠清晰,容易造成檢測結(jié)果的誤判。
穩(wěn)定性強:SafeGreen 在常見實驗條件下化學穩(wěn)定性出色,與 TAE、TBE、RRB 等常用電泳緩沖溶液兼容性良好,對溫度、pH 值等環(huán)境因素變化有一定耐受性,輕微條件波動下也能維持穩(wěn)定染色效果。其熒光信號在一定時間內(nèi)穩(wěn)定,不易淬滅,長時間曝光下標記的核酸條帶熒光強度不會明顯減弱,保證實驗結(jié)果記錄的準確性和可重復(fù)性 。部分核酸染料在不同緩沖體系中易分解或失效,且熒光穩(wěn)定性差,影響實驗結(jié)果分析。
電泳兼容性好:SafeGreen 采用膠染法染色時,不會影響 DNA 條帶遷移,即使高濃度核酸樣品也不會出現(xiàn)條帶扭曲現(xiàn)象,能讓科研人員準確判斷核酸片段分子量和遷移率。同時,它可在 488nm 波長下被藍光激發(fā),適用于藍光切膠儀或掃描儀,避免紫外激發(fā)對核酸和實驗人員的潛在損傷,也可被紫外激發(fā)用于常規(guī)紫外凝膠成像系統(tǒng),適配不同實驗室設(shè)備 。有些核酸染料對激發(fā)光源要求單一,限制了使用場景;還有些會影響核酸條帶遷移,干擾實驗結(jié)果判斷。
缺點
成本較高:由于其在研發(fā)、生產(chǎn)過程中,對安全性、穩(wěn)定性等方面的技術(shù)要求較高,導(dǎo)致生產(chǎn)成本增加,相比一些傳統(tǒng)核酸染料(如甲基綠等),SafeGreen 核酸染料的市場價格偏高,對于樣本量大、預(yù)算有限的實驗室來說,使用成本是需要考慮的問題 。
熒光強度可能相對較弱:在某些檢測條件下,與部分超敏型核酸染料相比,SafeGreen 的熒光強度可能略顯不足。對于一些本身含量極低,且缺乏有效信號放大手段的核酸樣本檢測,可能無法提供足夠強的熒光信號,影響檢測的靈敏度下限 。不過,在絕大多數(shù)常規(guī)實驗中,其熒光強度能夠滿足檢測需求。
染色時間可能較長:采用泡染法時,相比一些快速染色的核酸染料,SafeGreen 需要將凝膠在染色液中振蕩孵育 30 - 60 分鐘,染色時間相對較長。雖然可以通過優(yōu)化染色條件適當縮短時間,但對于追求快速出結(jié)果的實驗場景,可能不太適用 。