如何通過蛋白全長測序驗證復雜異構體的存在？5步操作指南檢測技術服務詳情介紹

在蛋白表達系統(tǒng)中，即使來源于同一基因，所產生的dànbáizhì也可能因剪接變異、翻譯起始差異、翻譯后修飾或降解途徑不同，形成多個結構相似但功能各異的dànbáizhì異構體（protein isoforms）。這些異構體廣泛存在于天然蛋白中，尤其在抗體藥物、融合蛋白及重組酶等生物制品開發(fā)過程中，其微小的結構差異可能對蛋白功能、穩(wěn)定性和免疫原性產生重要影響。

當前，質譜已成為解析蛋白結構和鑒定異構體的工具。在此基礎上，dànbáizhì全長測序（de novo full-length protein sequencing）通過高覆蓋度裂解、深度譜圖采集及智能化拼接算法，實現(xiàn)了從一級結構層面對異構體的jīngquè定性與區(qū)分。該方法無需參考數(shù)據庫，可捕捉剪切、延伸、修飾等結構變化，是研究復雜異構體組成的有力手段。

dìyī步：評估異構體驗證的必要性

在啟動全長測序前，需判斷是否具有開展異構體驗證的價值與必要性。

• 是否存在剪接體或翻譯變體的可能性？（如選擇性剪接、起始位點差異）

• 是否在SDS-PAGE、SEC或常規(guī)質譜中觀察到多條帶或多個峰？

• 是否有數(shù)據庫注釋或文獻報道多個結構變體？

• 是否懷疑存在功能差異或免疫原性差異？

若具備上述因素，建議從一級序列出發(fā)進行直接驗證。百泰派克生物科技提供數(shù)據庫分析、結構預測和差異片段富集建議，輔助判斷項目適配性。

第二步：構建多酶裂解與高覆蓋度測序策略

異構體的關鍵差異多發(fā)生在：

• N端或C端的延伸或截斷

• 可變區(qū)（如抗體J區(qū)、交聯(lián)位點）

• 翻譯后修飾所致的微結構差異

為全面覆蓋上述區(qū)域，可采用多酶聯(lián)用方案（如Trypsin、Glu-C、Asp-N、Chymotrypsin等），設計overlapping digestion策略，并結合預富集流程，提高檢測靈敏度與解析分辨率。

第三步：高分辨質譜+多碎裂模式識別異構特征

異構體往往差異微小，需采用高性能質譜平臺進行jīngquè分析。推薦配置包括：

• Orbitrap Eclipse或timsTOF Pro 2等高分辨儀器

• 組合碎裂模式（HCD+ETD/EThcD），便于修飾識別與N/C端結構完整性分析

• label-free定量模式，輔助判斷各異構體相對豐度

尤其在修飾與剪接結構共存的復雜樣本中，多模式碎裂可顯著提升結構解析能力。

第四步：AI輔助de novo拼接與異構體重構

利用AI驅動的de novo測序工具，可從MS/MS譜圖中直接重構一級序列，規(guī)避數(shù)據庫匹配的局限。主流算法包括：

• PEAKS Studio X+

• pNovo、DeepNovo

建議對候選差異區(qū)域進行多版本拼接，識別殘基替換、缺失、延伸或修飾，輸出多個高置信度異構體模型，并建立與原型蛋白的結構比較。

第五步：多維驗證與功能關聯(lián)分析

確認異構體存在后，需從功能層面驗證其生物學意義。推薦方法包括：

• 合成特異肽段進行功能驗證或結合抗體檢測

• RT-PCR或轉錄組測序驗證是否來源于剪接異構體

• Western blot結合專一性抗體區(qū)分異構體表達

• 穩(wěn)定性、活性和免疫原性差異檢測，評估藥物開發(fā)影響

dànbáizhì異構體在藥物開發(fā)與功能研究中扮演著復雜而關鍵的角色。蛋白全長測序通過無偏序列解析能力，配合多酶裂解、高分辨檢測與AI拼接建模，為異構體的識別提供結構級解決方案。百泰派克生物科技在全長dànbáizhì測序與異構體分析方面具備成熟平臺與豐富經驗，已協(xié)助多家科研機構識別功能相關異構體結構，助力蛋白藥研發(fā)與機制研究向更深層次推進。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上先進的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學</h2>

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統(tǒng)進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數(shù)據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術先進，填補技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優(yōu)質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數(shù)據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質的生物質譜分析服務!

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