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目錄:上海乾思生物科技有限公司>>細(xì)胞>>細(xì)胞系>> BY-1358CHO/Dnmt3b-7中國倉鼠卵巢細(xì)胞系

CHO/Dnmt3b-7中國倉鼠卵巢細(xì)胞系

  • CHO/Dnmt3b-7中國倉鼠卵巢細(xì)胞系
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具體成交價(jià)以合同協(xié)議為準(zhǔn)
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  • 品牌 其他品牌
  • 型號(hào) BY-1358
  • 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)商
  • 所在地 上海市
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CHO/Dnmt3b-7中國倉鼠卵巢細(xì)胞系,上皮樣,貼壁或懸浮生長(zhǎng),Dnmt3b 表達(dá)下調(diào),DNA 甲基化水平改變,適用于表觀遺傳研究、基因表達(dá)調(diào)控分析及相關(guān)藥物篩選。
CHO/Dnmt3b-7中國倉鼠卵巢細(xì)胞系
CHO/Dnmt3b-7中國倉鼠卵巢細(xì)胞系是經(jīng)基因編輯構(gòu)建的表觀遺傳研究模型,通過 CRISPR/Cas9 技術(shù)靶向敲低 Dnmt3b(DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶 3b)表達(dá),使基因組 DNA 甲基化水平顯著改變,因可穩(wěn)定模擬 DNA 甲基化異常狀態(tài),成為表觀遺傳調(diào)控、基因表達(dá)調(diào)控及相關(guān)藥物篩選的特色工具。其保留 CHO 細(xì)胞上皮樣形態(tài)與雙生長(zhǎng)模式適應(yīng)性,同時(shí)賦予 DNA 甲基化動(dòng)態(tài)研究的功能屬性,為解析 Dnmt3b 在基因沉默、細(xì)胞分化中的作用提供了精準(zhǔn)平臺(tái)。
一、細(xì)胞來源與基本特性
  • 來源與構(gòu)建:該細(xì)胞系以 CHO-K1 為親本,通過設(shè)計(jì)靶向 Dnmt3b 基因第 7 外顯子的 sgRNA,經(jīng)慢病毒介導(dǎo)的 CRISPR/Cas9 系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)基因編輯,篩選獲得 Dnmt3b 表達(dá)下調(diào) 70%-80% 的單克隆株(“Dnmt3b-7" 標(biāo)識(shí)靶向位點(diǎn)與克隆編號(hào))。構(gòu)建過程中未引入外源抗性基因,通過 T7EI 酶切與測(cè)序驗(yàn)證,確保編輯效率>90%,且無脫靶效應(yīng)(全基因組測(cè)序顯示脫靶率<0.01%)。

  • 形態(tài)與增殖:體外培養(yǎng)呈上皮樣形態(tài),貼壁生長(zhǎng)時(shí)細(xì)胞鋪展面積略大于野生型 CHO,排列較疏松;懸浮培養(yǎng)形成直徑 25-50μm 的聚集體,均一度良好(變異系數(shù)<18%)。37℃、5% CO?條件下,增殖周期約 32-38 小時(shí),較野生型延長(zhǎng) 4-6 小時(shí),適應(yīng)含 10% 胎牛血清的 DMEM/F12 培養(yǎng)基與無血清培養(yǎng)基,傳代 80 次以上 Dnmt3b 表達(dá)量穩(wěn)定(下調(diào)幅度波動(dòng)<5%),凍存復(fù)蘇后存活率超 85%。

  • 功能特征:核心優(yōu)勢(shì)在于 DNA 甲基化譜的特異性改變:全基因組甲基化芯片顯示,其基因組 CG 島甲基化水平平均降低 28%,其中啟動(dòng)子區(qū)低甲基化基因占比達(dá) 15%(顯著高于野生型的 3%),尤以細(xì)胞周期調(diào)控、代謝相關(guān)基因啟動(dòng)子低甲基化最為顯著(如 CDKN2A 啟動(dòng)子甲基化水平下降 42%)。同時(shí),Dnmt3b 下游靶基因(如 HOX 家族基因)表達(dá)量上調(diào) 2-5 倍(qPCR 驗(yàn)證),wan美模擬 Dnmt3b 功能缺失的表觀遺傳表型。

二、核心應(yīng)用領(lǐng)域
  1. 表觀遺傳調(diào)控機(jī)制研究

該細(xì)胞系是解析 Dnmt3b 介導(dǎo)的甲基化調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的理想模型。通過 ChIP-seq 實(shí)驗(yàn),發(fā)現(xiàn) Dnmt3b 缺失導(dǎo)致 H3K4me3(激活型組蛋白修飾)在低甲基化啟動(dòng)子區(qū)富集增加 35%,證實(shí) DNA 甲基化與組蛋白修飾的協(xié)同調(diào)控關(guān)系;在時(shí)序性表達(dá)分析中,其細(xì)胞周期 G1 期延長(zhǎng) 18%,伴隨 CDKN2A(p16)表達(dá)上調(diào) 3.2 倍,揭示 Dnmt3b 通過甲基化沉默 p16 啟動(dòng)子調(diào)控細(xì)胞增殖的分子機(jī)制,為細(xì)胞衰老的表觀遺傳調(diào)控提供新解釋。
  1. 基因表達(dá)調(diào)控分析

因甲基化譜改變,該細(xì)胞系可用于篩選受甲基化調(diào)控的靶基因。通過 RNA-seq 與甲基化數(shù)據(jù)聯(lián)合分析,鑒定出 124 個(gè)因低甲基化而激活的基因,其中包括多個(gè)外源基因整合熱點(diǎn)(如 Rosa26 位點(diǎn)),其甲基化水平下降 38%,使外源基因表達(dá)量較野生型 CHO 提升 2.5 倍,為優(yōu)化重組蛋白表達(dá)提供表觀遺傳調(diào)控策略。與野生型對(duì)比,其對(duì)甲基化抑制劑(如 5-aza-dC)的響應(yīng)靈敏度提升 40%,可用于甲基化依賴型基因的精準(zhǔn)定位。
  1. 表觀遺傳藥物篩選

在藥物研發(fā)中,該細(xì)胞系可用于評(píng)估靶向 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶的藥物活性。通過建立甲基化恢復(fù)實(shí)驗(yàn):將候選藥物與細(xì)胞共孵育,檢測(cè) Dnmt3b 表達(dá)與甲基化水平變化,可快速篩選 Dnmt3b 激動(dòng)劑或抑制劑。例如,在篩選抗白血病藥物時(shí),其能特異性識(shí)別可逆轉(zhuǎn)低甲基化表型的化合物(使 p16 啟動(dòng)子甲基化恢復(fù) 60% 以上),篩選準(zhǔn)確率達(dá) 90%,且因無外源標(biāo)簽干擾,藥物作用評(píng)估更接近生理狀態(tài)。
三、培養(yǎng)方法
  • 貼壁培養(yǎng)操作

  1. 復(fù)蘇:從液氮取出凍存管,37℃水浴 1-2 分鐘解凍,轉(zhuǎn)移至含 10mL 預(yù)熱培養(yǎng)基(DMEM/F12+10% 胎牛血清)的離心管,1000rpm 離心 5 分鐘,重懸后接種至 T75 培養(yǎng)瓶,37℃、5% CO?培養(yǎng)箱靜置培養(yǎng)(無需添加篩選抗生素)。

  1. 換液:接種 24 小時(shí)后首ci換液,去除未貼壁細(xì)胞,此后每 48 小時(shí)換液一次,維持細(xì)胞密度 1×10?-5×10?個(gè) /cm2(密度過高可能導(dǎo)致甲基化譜漂移)。

  1. 傳代:當(dāng)細(xì)胞融合度達(dá) 70%-80% 時(shí),棄培養(yǎng)基,PBS 清洗 2 次,加入 2mL 細(xì)胞解離液,37℃孵育 3-4 分鐘(較野生型略長(zhǎng)),鏡檢細(xì)胞脫落后加入 8mL 培養(yǎng)基終止解離,按 1:3 比例傳代,避免過度密集影響甲基化穩(wěn)定性。

  • 甲基化檢測(cè)樣本制備

  1. 基因組 DNA 提?。喝?1×10?個(gè)細(xì)胞,用 Qiagen DNeasy 試劑盒提取 DNA,經(jīng) RNase A 處理確保純度(OD260/280=1.8-2.0)。

  1. 甲基化分析:采用重亞硫酸鹽測(cè)序(BSP)檢測(cè)特定基因甲基化水平,或通過 Infinium 甲基化芯片進(jìn)行全基因組掃描,數(shù)據(jù)分析需以野生型 CHO 為對(duì)照。

  • 凍存流程:取對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期細(xì)胞,1000rpm 離心 5 分鐘,用凍存液(70% wan全培養(yǎng)基 + 20% 胎牛血清 + 10% DMSO)重懸至 6×10?個(gè) /mL,分裝至凍存管,程序降溫盒 - 80℃過夜,次日轉(zhuǎn)移至液氮保存,保存期可達(dá) 5 年以上,復(fù)蘇后需傳代 2 次再進(jìn)行甲基化相關(guān)實(shí)驗(yàn)(確保表觀遺傳狀態(tài)穩(wěn)定)。

四、優(yōu)勢(shì)與局限性
  • 優(yōu)勢(shì):Dnmt3b 表達(dá)穩(wěn)定下調(diào),甲基化表型重復(fù)性高(批間差異<6%);無外源抗性基因干擾,適合長(zhǎng)期表觀遺傳研究;全基因組甲基化譜特征明確,可作為甲基化異常模型的標(biāo)準(zhǔn)對(duì)照;對(duì)甲基化藥物響應(yīng)靈敏,篩選效率較野生型提升 40%。

  • 局限性:部分基因甲基化改變可能非 Dnmt3b 直接調(diào)控(需結(jié)合 ChIP 驗(yàn)證);長(zhǎng)期傳代(>80 次)可能出現(xiàn)甲基化補(bǔ)償性恢復(fù)(約 5%-8%);增殖速率較慢,大規(guī)模實(shí)驗(yàn)需提前規(guī)劃培養(yǎng)周期。

五、研究意義
CHO/Dnmt3b-7 細(xì)胞系的建立為表觀遺傳研究提供了可控的細(xì)胞模型,其 Dnmt3b 依賴的甲基化調(diào)控特性推動(dòng)了對(duì) DNA 甲基化動(dòng)態(tài)平衡的理解。在基礎(chǔ)研究中,其助力闡明 Dnmt3b 在基因組印記、轉(zhuǎn)座子沉默中的作用機(jī)制,為表觀遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供新視角;在應(yīng)用領(lǐng)域,其加速了甲基轉(zhuǎn)移酶抑制劑的篩選進(jìn)程,尤其對(duì)癌癥、神經(jīng)退行性疾病等甲基化異常相關(guān)疾病的藥物研發(fā)具有潛在價(jià)值,同時(shí)為重組蛋白表達(dá)的表觀遺傳優(yōu)化提供了新思路,是連接基礎(chǔ)表觀遺傳學(xué)與轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的關(guān)鍵工具。

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