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產品簡介
詳細介紹
▍CRISPR檢測服務
艾迪基因基于CRISPR檢測開發(fā)的高靈敏度、高特異性、快速恒溫核酸檢測技術——FASST快速檢測技術，解決了傳統(tǒng)CRISPR檢測中存在的問題，如操作復雜、易污染、靈敏度低和耗時長。通過自主開發(fā)的蛋白質純化平臺優(yōu)化Cas酶結構，開發(fā)crRNA設計邏輯，生產高效crRNA，并使用自主設計的reporter，實現更高靈敏檢測，簡化操作步驟，減少污染風險?？筛鶕膶嶒炐枨筮x擇：分步定制或全套定制檢測服務。
▍服務詳情
| 服務內容 | 服務說明 | 交付標準 |
|---|---|---|
| 制備靶標基因模板 | 合成靶標質粒 | 靶標質粒 |
| crRNA和RPA恒溫擴增引物的設計與合成 | 根據靶標序列設計crRNA和RPA引物 | crRNA，2 OD |
| RPA恒溫擴增引物的活性篩選 | 多對RPA引物分別擴增靶標序列，確認效率好的引物對 | RPA恒溫擴增引物，2 OD |
| crRNA的活性篩選 | 多條crRNA進行活性分析，確認效率好的crRNA | 結題報告與原始數據 |
| crRNA和RPA恒溫擴增引物的實驗體系建立和優(yōu)化 | 對RPA引物對和crRNA的組合進行靈敏度測試、特異性測試和準確性測試 | 結題報告與原始數據 |
| FASST檢測整套服務 | / | 結題報告，50個反應的試劑CRISPR配套試劑盒 |
▍FASST快速檢測平臺
FASST（Fast, accurate, specific, and simple test）是?種基于CRISPR檢測開發(fā)的下?代?靈敏度、?特異性、快速恒溫的單管核酸檢測技術。FASST依靠多種酶類在常溫下協(xié)同作?，實現核酸的快速擴增和檢測，具有雙重特異性和雙重信號放大優(yōu)點，是真正的POCT技術。
傳統(tǒng)CRISPR檢測主要包括兩管反應和單管反應兩種形式。其中，兩管反應操作復雜、易受污染；單管反應雖然簡便且污染風險小，但靈敏度低、耗時。FASST技術基于艾迪基因自主開發(fā)的蛋白質純化平臺，通過優(yōu)化升級Cas酶結構，采用不同的crRNA設計邏輯，生產高效crRNA以及reporter，形成單管反應檢測，在降低污染風險的情況下，將檢測限提高到amol級別，將檢測時間縮短至十分鐘，實現了靈敏特異、快速準確的核酸檢測，解決了傳統(tǒng)CRISPR檢測的痛點。
原理圖
▍技術優(yōu)勢
▍技術對比
| 項 目 | FASST | PCR | LAMP等恒溫擴增 | 傳統(tǒng)CRISPR檢測 |
|---|---|---|---|---|
| 反應溫度 | 37-42℃ 恒溫 | 95℃-55℃-72℃ 變溫 | 65℃ 恒溫 | 37-42℃ 恒溫 |
| 運行時間 | 5-20 mins | 1-2h | 40-60mins | 30-60 mins |
| 引物數量 | 2條 | 2條 | 4-6條 | 2條 |
| 試劑狀態(tài) | 液體/凍干 | 液體 | 液體 | 液體/凍干 |
| 設備要求 | 恒溫設備(金屬浴，水浴等) | PCR擴增儀 | 恒溫設備 | 恒溫設備(金屬浴，水浴等） |
| 操作性 | 操作極為簡單可實現 真正意義上的便攜 | 專業(yè)操作要求,高設備操作復雜 | 操作簡單 | 操作極為簡單 可實現真正意義上的便攜 |
| 氣溶膠污染 | 單管反應，污染風險低 | 存在氣溶膠污染風險 | 存在氣溶膠污染風險 | 兩管反應，存在氣溶膠污染風險 |
▍實驗流程
▍CRISPR檢測相關產品
● Cas酶
艾迪基因提供高純度、高活性的 Cas 酶，其靈敏度和活性均處于行業(yè)前沿水平。
● crRNA
● DNA恒溫擴增試劑盒
DNA恒溫快速擴增試劑盒是基于一種常溫恒溫核酸快速擴增技術開發(fā)的試劑盒，適用于實驗室級別的DNA擴增以及其他檢測用途的DNA擴增使用。具有靈敏度高、特異性強、反應時間短等優(yōu)點，反應組分為干粉狀態(tài)，操作簡便，易于保存。使用金屬浴、水浴鍋等即可進行反應操作，無需購買PCR儀等價格高昂的設備。
● RNA恒溫擴增試劑盒
RNA恒溫快速擴增試劑盒是基于一種恒溫核酸快速擴增技術開發(fā)的試劑盒，適用于實驗室級別的RNA擴增以及其他檢測用途的RNA擴增使用。具有靈敏度高、特異性強、反應時間短（僅需30 min）等優(yōu)點，反應組分為干粉狀態(tài)，操作簡便，易于保存。使用金屬浴、水浴鍋等即可進行反應操作，無需購買PCR儀等價格高昂的設備。
● 試紙條
● 探針
● T7體外轉錄試劑盒
● RNase 抑制劑
▍應用案例
① 非洲豬瘟病毒檢測
結果：使用ASFV 1070檢測非洲豬瘟病毒，CRISPR/Cas12a一管法檢測技術可在10min內檢測到100 copies的核酸;可在20min內檢測到10-50 copies的核酸。
② 鸚鵡博爾納病毒檢測
結果：CRISPR/Cas12a兩管法檢測技術(RPA反應30min，CRISPR檢測10min)可在40min內檢測到10 copies的鸚鵡博爾納病毒核酸。
③ 流產布魯桿菌檢測
結果: CRISPR/Cas12a兩管法檢測技術(RPA反應30min，CRISPR檢測10min)可在40min內檢測到100 copies的流產布魯桿菌核酸。
▍FAQ
1、 如何提高Cas酶的檢測靈敏度？
1）設計高效的crRNA序列。通過合理的設計以及在線網站結構預測，選擇合適的crRNA,以獲得良好的Cas酶反式切割活性。
2）選擇合適的信號報告底物。有關研究指出，使用15 nt的單鏈DNA（ssDNA）作為報告底物時，Cas12a的切割反應速率達到一個高的值，相較于常用的5-nt ssDNA，反應速率顯著提升。
3）優(yōu)化反應條件和緩沖液。通過優(yōu)化CRISPR反應的條件如Cas酶與crRNA比例、Cas酶使用濃度、反應溫度等可以在一定程度上提高檢測效果。
2）選擇合適的信號報告底物。有關研究指出，使用15 nt的單鏈DNA（ssDNA）作為報告底物時，Cas12a的切割反應速率達到一個高的值，相較于常用的5-nt ssDNA，反應速率顯著提升。
3）優(yōu)化反應條件和緩沖液。通過優(yōu)化CRISPR反應的條件如Cas酶與crRNA比例、Cas酶使用濃度、反應溫度等可以在一定程度上提高檢測效果。
2、 如何設計crRNA？
可根據以下步驟進行設計
1）明確目的基因序列。
2）明確使用的Cas蛋白。不同的Cas蛋白，需要識別相應的PAM（Protospacer Adjacent Motif）序列，例如Cas12a需要依靠“TTTV"PAM序列進行靶標識別。
3）選擇crRNA靶向區(qū)域。在目標基因上選擇一個20nt核苷酸序列，該序列緊鄰PAM位點，且與crRNA的互補鏈配對。
4）選定的20nt靶向區(qū)域作為 target sequence（可變部分）加上scaffold sequence （固定部分）以設計crRNA序列。
5）使用在線工具如CRISPR design tool（例如CRISPOR、 Benchling等）來幫助設計crRNA。這些工具可以預測sgRNA的效率和特異性，避免可能的脫靶效應。
6）設計完成后，可以通過合成生物學公司訂購合成的crRNA序列。
1）明確目的基因序列。
2）明確使用的Cas蛋白。不同的Cas蛋白，需要識別相應的PAM（Protospacer Adjacent Motif）序列，例如Cas12a需要依靠“TTTV"PAM序列進行靶標識別。
3）選擇crRNA靶向區(qū)域。在目標基因上選擇一個20nt核苷酸序列，該序列緊鄰PAM位點，且與crRNA的互補鏈配對。
4）選定的20nt靶向區(qū)域作為 target sequence（可變部分）加上scaffold sequence （固定部分）以設計crRNA序列。
5）使用在線工具如CRISPR design tool（例如CRISPOR、 Benchling等）來幫助設計crRNA。這些工具可以預測sgRNA的效率和特異性，避免可能的脫靶效應。
6）設計完成后，可以通過合成生物學公司訂購合成的crRNA序列。
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