蛋白測(cè)序策略選擇：何時(shí)用Edman測(cè)序而非質(zhì)譜？檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在dànbáizhì研究中，測(cè)序技術(shù)的選擇往往決定了實(shí)驗(yàn)?zāi)芊癯晒?。雖然質(zhì)譜（Mass Spectrometry, MS）已成為主流的蛋白測(cè)序工具，但Edman降解（Edman degradation）仍然在某些場(chǎng)景中bùkětìdài。那么，何時(shí)選擇Edman測(cè)序而非質(zhì)譜？這不僅關(guān)乎實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)效率，也關(guān)系到結(jié)果的可解釋性與應(yīng)用價(jià)值。本文將從原理、優(yōu)勢(shì)對(duì)比、適用場(chǎng)景等角度，深入解析這兩種策略的異同，幫助科研人員做出更jīngzhǔn的技術(shù)選擇。

一、兩種測(cè)序原理的根本差異

1、Edman降解：經(jīng)典但依賴于N端

Edman降解是基于化學(xué)反應(yīng)逐步切割N端氨基酸并進(jìn)行鑒定的方式。每次循環(huán)可鑒定一個(gè)氨基酸，適用于N端游離且較短的肽段，理論上可達(dá)到20–30個(gè)氨基酸的測(cè)序深度。

（1）優(yōu)點(diǎn)：高準(zhǔn)確率、序列信息直接、可讀性強(qiáng)

（2）局限：對(duì)N端封閉蛋白無(wú)能為力、無(wú)法解析修飾、不適用于復(fù)雜混合物

2、質(zhì)譜測(cè)序：速度與通量的代表

質(zhì)譜測(cè)序依賴肽段離子在氣相中的碎裂模式，結(jié)合數(shù)據(jù)庫(kù)搜索或de novo算法推測(cè)序列，是目前高通量蛋白組學(xué)的核心技術(shù)。常用平臺(tái)包括Orbitrap、TOF等，配合LC-MS/MS系統(tǒng)可實(shí)現(xiàn)對(duì)千級(jí)以上蛋白的并行分析。

（1）優(yōu)點(diǎn)：靈敏度高、通量大、適配修飾分析

（2）局限：序列推斷需數(shù)據(jù)庫(kù)依賴，de novo算法在低質(zhì)量數(shù)據(jù)時(shí)準(zhǔn)確性下降；蛋白起始點(diǎn)信息不總是清晰

二、如何根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)選擇測(cè)序方法？

1、明確研究目標(biāo)：需要“哪一段"的序列？

（1）只需N端起始序列確認(rèn)：Edman測(cè)序優(yōu)先 適用于新蛋白表達(dá)產(chǎn)物的確認(rèn)、成熟蛋白N端剪切位點(diǎn)驗(yàn)證等

（2）需全序列、翻譯后修飾信息、復(fù)雜樣本中識(shí)別：質(zhì)譜測(cè)序?yàn)橹鬟x

百泰派克生物科技建議：在構(gòu)建表達(dá)系統(tǒng)時(shí)，若引入標(biāo)簽（如His、Flag等）易造成N端封閉，影響Edman反應(yīng)活性，應(yīng)提前設(shè)計(jì)保留N端游離。

2、樣品純度：是否足夠支持Edman測(cè)序？

Edman測(cè)序需高純度蛋白樣本（>90%）且量不少于1–5 µg，并要求蛋白在PVDF膜上固定、轉(zhuǎn)印完整。

如果樣品雜蛋白干擾嚴(yán)重，Edman測(cè)序結(jié)果容易混淆；質(zhì)譜則具有更好的抗雜能力，可通過(guò)預(yù)分離提高特異性識(shí)別。

3、蛋白是否有修飾或變體存在？

質(zhì)譜可同時(shí)識(shí)別磷酸化、乙?；⑻腔确g后修飾，以及突變、剪切變異等分子異構(gòu)形式。Edman則無(wú)法應(yīng)對(duì)這些復(fù)雜修飾。

三、哪些典型應(yīng)用場(chǎng)景更適合Edman測(cè)序？

1、單一純化蛋白的N端驗(yàn)證

例如：驗(yàn)證重組蛋白表達(dá)正確性、檢測(cè)成熟蛋白是否經(jīng)信號(hào)肽剪切。

2、生物藥一致性分析（如抗體藥物）

在抗體藥物開(kāi)發(fā)中，N端氨基酸序列的直接讀取有助于確認(rèn)藥品一致性、加工穩(wěn)定性和法規(guī)合規(guī)性。

3、無(wú)數(shù)據(jù)庫(kù)匹配參考的全新蛋白研究

在一些新物種、微生物株中，質(zhì)譜由于缺少數(shù)據(jù)庫(kù)支撐，de novo推斷誤差大；Edman提供的jīngquèN端序列可以輔助構(gòu)建參考蛋白庫(kù)。

四、實(shí)際操作中，是否可以聯(lián)合使用？

當(dāng)然可以。Edman測(cè)序與質(zhì)譜測(cè)序是互補(bǔ)而非互斥的技術(shù)。聯(lián)合策略示例：先進(jìn)行Edman測(cè)序獲取N端序列，再用質(zhì)譜確認(rèn)其余部分并解析修飾信息。這種方式能zuì大化獲取結(jié)構(gòu)信息，也更利于后續(xù)功能研究或抗體設(shè)計(jì)。

百泰派克生物科技的技術(shù)建議與服務(wù)優(yōu)勢(shì)

在百泰派克生物科技，我們提供包括：

• 高純度蛋白SDS-PAGE后PVDF膜轉(zhuǎn)印+Edman降解

• Orbitrap平臺(tái)下的高分辨率LC-MS/MS蛋白測(cè)序

• 蛋白翻譯后修飾分析、標(biāo)簽識(shí)別、de novo序列拼接

通過(guò)科學(xué)的策略整合，我們幫助多個(gè)客戶實(shí)現(xiàn)從蛋白表達(dá)驗(yàn)證→結(jié)構(gòu)解析→功能鑒定的高效轉(zhuǎn)化，提升研發(fā)效率與數(shù)據(jù)可信度。Edman測(cè)序并未過(guò)時(shí)，它在某些精細(xì)結(jié)構(gòu)分析中依然dújù優(yōu)勢(shì)。而質(zhì)譜的高通量特性則為大規(guī)模組學(xué)研究提供了基礎(chǔ)。zuì關(guān)鍵的，是根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康?、樣本狀態(tài)和預(yù)算合理選擇測(cè)序方式，甚至融合使用。如您在蛋白測(cè)序策略選擇方面仍有疑問(wèn)，歡迎隨時(shí)聯(lián)系百泰派克生物科技獲取定制化技術(shù)支持，我們期待為您的科研項(xiàng)目保駕護(hù)航。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上先進(jìn)的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白zhìzǔxué

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量蛋白zhìzǔxué、bǎxiàngdàn白zhìzǔxué、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種蛋白zhìzǔxué分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白zhìzǔxué服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)先進(jìn)，填補(bǔ)技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋蛋白zhìzǔxué、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

蛋白測(cè)序策略選擇：何時(shí)用Edman測(cè)序而非質(zhì)譜？檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹